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苹果手机自动删除短信可能有以下几种原因。
1、可能是开启了自动删除短信功能，可以在设置中取消这个功能，具体操作是找到信息应用，点击应用管理，选择自动清理选项并关闭，这样手机就不会自动删除短信了。
2、有些手机在存储空间不足时会自动删除一些短信以释放空间，可以进入设置查看存储空间情况，如果存储空间不足，可以清理一些不需要的文件或卸载一些不常用的应用来释放空间。
3、如果手机中了病毒或者安装了恶意软件，也可能导致短信被自动删除，可以尝试使用杀毒软件进行扫描和清理。
4、如果使用了某些第三方短信应用，也可能导致短信被自动删除，可以尝试更换官方短信应用或者卸载第三方应用来解决问题。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份手机数据并恢复出厂设置，或者寻求专业的技术支持来解决这个问题。